Protein Data Bank
The Protein Data Bank (PDB) is a repository for the three-dimensional structural data of large biological molecules, such as proteins and nucleic acids. The data, typically obtained by X-ray crystallography or NMR spectroscopy and submitted by biologists and biochemists from around the world, are freely accessible on the Internet via the websites of its member organisations (PDBe, PDBj, and RCSB). The PDB is overseen by an organization called the Worldwide Protein Data Bank, wwPDB.
The PDB is a key resource in areas of structural biology, such as structural genomics. Most major scientific journals, and some funding agencies, such as the NIH in the USA, now require scientists to submit their structure data to the PDB. If the contents of the PDB are thought of as primary data, then there are hundreds of derived (i.e., secondary) databases that categorize the data differently. For example, both SCOP and CATH categorize structures according to type of structure and assumed evolutionary relations; GO categorize structures based on genes.
These are the link for some Protein Data Bank website
- Worldwide Protein Data Bank
http://www.wwpdb.org/ - Europe Protein Data Bank
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/ - Japan Protein Data Bank
http://pdbj.org/
How do data information is stored in form of data query?
Search Field
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Example
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PDB ID
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4HHB, 2MHR
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Deposition/Release Date
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September 1 1996
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Contain Chain Type
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Protein: Ignore, Enzyme: Yes, DNA
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Citation Author
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S.S. Taylor
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Here are some examples of the protein:
HtrA
| Molecule: | Putative serine protease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymer: | 1 | Type: | protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chains: | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fragment: | PDZ domain, UNP residues 266-390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Name | SP_2239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aminopeptidase
| Molecule: | METHIONINE AMINOPEPTIDASE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymer: | 1 | Type: | protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chains: | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EC#: | 3.4.11.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Details: | COMPLEX WITH T-BUTANOL AND COBALT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Names | METAP2 MNPEP P67EIF2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carboxypeptidase
| Molecule: | CARBOXYPEPTIDASE A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymer: | 1 | Type: | protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chains: | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EC#: | 3.4.17.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Names | CPA1 CPA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Collagenase
| Molecule: | COLLAGENASE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymer: | 1 | Type: | protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chains: | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EC#: | 3.4.24.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fragment: | RESIDUES 119-880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Name | colG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subsitilin
| Molecule: | Tk-subtilisin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymer: | 1 | Type: | protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chains: | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutation: | S324A, D372A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Name | TK1675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enjoy Learning The Protein
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